1、首先从命名上就可以看出来，独立与非独立机组的命名是从机组的动力输出来讲的，独立机组拥有单独的动力源既机组本身所独立的柴油发动机作为其动力源；而非独立式机组的动力输出是依靠汽车底盘的发动机来带动的

2、从动力输出就可以看出他们的差异性，当汽车发动机停止运转的时候非独立式制冷机组既失去动力支持，制冷系统停止工作，如果在汽车熄火的时候频繁的打开车厢门将使汽车箱体内冷气大量流失造成车厢内温度升高，或者在汽车出现故障时（发动机故障）制冷机也将停止制冷，车厢内货物的品质也得不到保证。

两者的优缺点
非独立式制冷机组系统结构简单易于维护和保养
独立式制冷机组因为多了发动机系统保养和维修稍微复杂

该如何选择？
从运输的用途来讲，如果是用作市内或者区县间的短距离配送，建议使用非独立机组（采购成本低，市内哪怕是出现故障也不担心没地方修）
反之是进行长途运输的则建议使用独立式制冷机，因为在长途运输过程中哪怕汽车发动机停止工作，制冷机仍然可以正常制冷，满足所运输物品的安全

另外从所配车型来讲
7米及7米以下车厢建议使用非独立式机组
7米以上车厢用独立式比较好

从成本上讲非独立式制冷机组与独立式制冷机组价位相差在几万以上，如果预算上比较充裕，而且又对车厢内温度要求比较低（所需温度至少要零下10度以下）的话建议还是用独立式比较好。